1 ... 9 10 11 12 13 14 15 16 ... 74

The platon crystallographic package - səhifə 13

səhifə13/74
tarix04.12.2017
ölçüsü5.01 Kb.

:

afs
afs -> Meningoensefalit, meningoensefalit
afs -> Nb deze bovenstaande tekst wel weghalen!
afs -> Allergen Checklist for Food Suppliers or Manufacturers

Note:
Prior to the application of  the 

SOLV PLOT

 function, atoms may be deleted using the 

DELETE ATOM

 option on the ORTEP menu. 

Example - Solvent Accessible Volume


Data files: 
squeeze.res
 and 
squeeze.hkl

invoke: 'platon squeeze.res' and click on 'SOLV PLOT'. 

Example - Ohashi-volume


Data:

 
ohashi.cif

1 - Invoke PLATON: 

platon ohashi.cif

 
2 - Set van der Waals Radius Co to 0.7 Angstrom with: 

SET VDWR Co 0.7

 
2 - Delete the atoms of the 'reactive group' with ORTEP/Delete atom/End 
3 - Click on 

SOLV PLOT

 etc. 
                         
                                             
      
               

1.3.3.8 – CAVITY-PLT -A Routine for the Visualisation of Empty Spaces


VOIDS in a structure are located and represented by spheres with radii equal to the contact 
radius to the nearest van der Waals surface (see 

Fig. 1.3.3.8

). This routine is modeled on but 
not identical with the program CAVITY by A. Mugnoli (14th European Crystallographic 
Meeting, Abstract 530, Enschede, 1992). Keyboard instruction: 

CAVITY (radius[1.2])


where 'radius' is the minimum void radius searched. The default van der Waals Radii 
supplied by PLATON can be overruled with user-supplied radii (e.g. ion-radii) with the 
'SET RADII' instruction. 

Example Data

: cavity.res. 

Fig 1.3.3.8-1

 – The result of the cavity algorithm as displayed with PLUTON/POVRAY.
More elaborate alternative algorithms for the analysis of solvent accessible voids in a crystal 
structure are available through CALC SOLV (

Section 1.3.3.1

) and CALC VOID (

Section 


1.3.3.2)


1.3.3.11 - FLIP MENU - Charge Flipping Menu


This tool provides a menu interface to the FLIPPER routine (

Chapter 9

) for structure 
determination. Various parameters can be set or changed. This can be achieved by either 
clicking in the proper boxes in the sub-menu or with keyboard instructions (e.g. 

NTRY 10


Special preconfigured versions of FLIPPER are FLIP SHOW (

Section 1.3.3.12

), FLIP 
PATT (

Section 1.3.3.13

), FLIPPER 25 (

Section 1.3.3.14

) and STRUCTURE (

Section 


1.3.3.15

).  
Sub-Menu #0 – (

Section 1.4.31

) –  Options

1.3.3.12 - FLIP SHOW - Visualization of the Charge Flipping Process


Charge Flipping in this version starts with all phases zero. An attempt is made to solve the 
structure starting from a pseudo Patterson map (based on ABS(Fobs)) and a maximum of 
5000 flip cycles. The progress of the routine is displayed graphically as the result of a peak 
search display and in terms of the change of the R-value. See 

Chapter 9

 for  details and 
examples of the FLIPPER procedure. 

1.3.3.13 - FLIP PATT - Single Starting Point Charge Flipping



Charge Flipping in this version starts from initial Phases set to Zero. An attempt is made to 
solve the structure starting from a pseudo Patterson map (based on ABS(Fobs)) and a 
maximum of 5000 flip cycles. See the 

Chapter 9

 for details and examples of the FLIPPER 
procedure. 

1.3.3.14 – Flipper 25 - Multiple Starting Point Charge Flipping


This is a multiple starting point version of FLIPPER with random phases assigned to 
reflections. Up to 25 starting points are attempted with a maximum of 250 flips per attempt. 

1.3.3.15 – STRUCTURE? - From Data to Refined Structure by Charge Flipping


This tool attempts a fully automatic ab-initio structure determination sequence based on an 
implementation of the Charge Flipping Algorithm (Oszlanyi & Suto, 2004, 2005) for 
structure solution and 

SHELXL97

 for structure refinement. 

STRUCTURE?

 is 
implemented in 

PLATON

 as an alternative for the 

SYSTEM-S

 sequence for automated 
structure determination that is available only in the 

LINUX

 and 

Mac OS X

 version of 

PLATON

 (with structure solution options including 

SHELXS86

SHELXS97

SIR97


SIR2004

 and 

DIRDIF99

). 
Note: This new tool is under development. 

1.3.4.1 – ADDSYM 


Tool for the detection of missed or pseudo higher symmetry in data supplied in CIF, RES or 
SPF format. See 

Chapter 4

 for full details and examples.

Fig. 1.3.4.1.-1. 

Example of a structure that was published in the orthorhombic space group  
Pbca but shown by ADDSYM to belong to the cubic space group Pa-3. The symmetry  
operations in white are the ones for Pbca. The additional threefold axes are presented  
in red. This side menu shows options to change various tolerances and to produce  
either a display of the averaged structure or a RES file suitable to continue refinement  
in the higher symmetry group. The KeepMon-I-n Toggle allows the algorithm to reain  
I centering and n glides when that leads to closer to 90 degrees beta angles.

Keyboard Instruction options:


CALC ADDSYM (element_name/EQUAL) (EXACT) (SHELX/PLOT) (NOSF) (KEEP


) (ang d1 d2 d3 perc)

 
where: 

- element_name

 - Search for higher symmetry for specified element only. 

- EQUAL

 - Search with all atom type treated as equivalent. 

- EXACT

 - All atoms should fit for given criteria. 

- SHELX

 - A new 

shelxl.res

 file is generated for the proposed space group 

       - PLOT

 - A PLUTON-plot of the averaged structure in the proposed space group is 


Dostları ilə paylaş:

©2018 Учебные документы
Рады что Вы стали частью нашего образовательного сообщества.
?


the-scientific-and-48.html

the-scientific-and-52.html

the-scientific-and-57.html

the-scientific-and-61.html

the-scientific-and-66.html