1 2 3 4 5 6 7 8 9 ... 74

The platon crystallographic package - səhifə 6

səhifə6/74
tarix04.12.2017
ölçüsü5.01 Kb.

the three rotation angles needed to reconstruct a particular orientation from the default setting with 
the instruction: VIEW UNIT XROT -131 YROT -69 ZROT -60. The fourth number specifies the 
perspective (zero in this case for infinite perspective, viewing distance in cm. otherwise). 
NOMOVE FORCED indicates in this case that the connected set established in PLATON was used 
for PLUTON. On the right is the main sub-menu with options to change the plotting style, the 
orientation of the molecule and the option to obtain a PostScript file suitable for printing etc. 
additional options are available by clicking in one of the other OptionMenus boxes. Some 
implementations without a 'save-under option' might need refreshing of an overlapped window. This 
can be done by click in the yellow bow top-right. Red menu items generally indicate that the 
associated function is active.The information around the plot can be deleted by clicking on 
'Decoration' in the side menu.
 
PLATON may be made to behave as the original standalone PLUTON program in three 
ways when run with the data file 

sucrose.spf


1.
With the PLUTONative option (

Section 1.3.1.15

) on the PLATON main menu. 
2. With a UNIX soft link in the directory where the PLATON executable resides:

ln -s platon pluton

 
and invoked as 

pluton sucrose.spf

 
3. With the -p option:

platon -p sucrose.spf  



PLUTON comes with six sub-menus as detailed in the indicated sections. The default is #0. 
Other sub-menu's  are selected by clicking in one of the other OptionMenus box's.
Sub-Menu #0 – (

Section 1.4.2

) – Main Options
Sub-Menu #1 – (

Section 1.4.3

) – Plot Content Options
Sub-Menu #2 – (

Section 1.4.4

) – Plot Style Options
Sub-Menu #3 – (

Section 1.4.5

) – Plot Viewing/Orientation Options
Sub-Menu #4 – (

Section 1.4.6

) – (Interactive) Geometry Options
Sub-Menu #5 – (

Section 1.4.7

) – Auxiliary Options

1.3.1.2 - ORTEP/ADP – Automatic Display of Displacement Parameters


This tool offers the automatic generation of atomic displacement parameter (ORTEP/ADP) 
illustrations to be used for detailed inspection of anisotropic displacement parameters and 
the generation of illustrations suitable for publication. Only a limited set of the large amount 
of instructions available in the full ORTEP-III program (C.K. Johnson) has been 
implemented. In particular, no unit cell filling packing diagrams are available. That task is 
performed with the PLUTON tool (see 

Chapter 3

).
Suitable ARU's (See 

Section 2.4.3

) can be added to the display via the CALC COORDN 
option on the sub-menu #0. This may be useful in case of  the display of inter-molecular 
interactions such as Hydrogen bonds. Clicking on an atom will display a list of short 
contacts. Click on the appropriate line in that list to add an corresponding ARU. 
Various geometrical calculation and displays are available via the submenus of this tool 
(e.g. manual fitting of molecules, least squares plane definitions). 
This ORTEP option also provides an easy path to the generation of raster randered ORTEP 
plots of  using the Raster3D package of Merritt & Bacon (1973). RASTER3D plots may be 
useful for Poster presentations. Journals will often prefer the classical black-and-white line 
drawing plots.
The -O option offers direct access to produce an automatic ORTEP: 

platon -O name.cif


 
The ORTEP tool  comes with three sub-menus as detailed in the indicated sections below. 
The default is #0. Other sub-menu's  are selected by clicking in one of the other 
OptionMenus box's.
Sub-Menu #0 – (

Section 1.4.1

) – Main Options
Sub-Menu #1 – (

Section 1.4.8

) – Sub1 Options
Sub-Menu #2 – (

Section 1.4.9

) – Sub2 Options

Fig. 1.3.1.2-1


. Default Atomic Displacement Parameter plot (ORTEP) for the structure of sucrose 
(drawn at the 50% probability level) in a minimum overlap orientation. Labels are positioned 
automatically avoiding overlap with atoms, bonds and other labels. The three number in the corners 
associated with X, Y or Z can be used to reconstruct the same orientation with the instruction VIEW 
UNIT XROT 49 YROT 39 ZROT 60. The side menu shows the main options. Additional options 
are available by clicking in one of the other boxes in 'OptionMenus'. The information around the 
molecule can be left out by clicking on the 'Decoration' toggle.

1.3.1.3 - Newman-Plots


Fig. 1.3.1.3-1


. Four out of the series of Newman plots generated automatically for sucrose. The 
next set is shown by clicking on 'NextRing' in the side menu.
This option provides a graphical presentation loop through all NEWMAN 
 
projections along 
the non-hydrogen bonds in a structure. The Newman plots are displayed in groupings of 
four. The sub menu on the side includes a button Newman-next to move on to the next set of 
four plots. Other options allow for hard copy versions of the plots.
The  

Newman-plot 

option shares a sub-menu with the Ring and Plane plot series options:
Sub-Menu #0 – (

Section 1.4.13

) – Options 

1.3.1.4 - Ring-Plots


Fig. 1.3.1.4-1

. Projection of the structure on the indicated ring plane
 
This option provides plots of a projection of the structure on the sequence of RING planes 
in the structure. PLUTON and ORTEP style plots can be generated from this orientation 
invoked  from options in the sub menu on the side. The NextRing option brings in the next 
ring plane. 

:

afs
afs -> Meningoensefalit, meningoensefalit
afs -> Nb deze bovenstaande tekst wel weghalen!
afs -> Allergen Checklist for Food Suppliers or Manufacturers


Dostları ilə paylaş:

©2018 Учебные документы
Рады что Вы стали частью нашего образовательного сообщества.
?


the-schools-white-paper---98.html

the-science-of-discworld-.html

the-scientific-and-11.html

the-scientific-and-16.html

the-scientific-and-20.html