1 ... 44 45 46 47 48 49 50 51 ... 74

The platon crystallographic package - səhifə 48

səhifə48/74
tarix04.12.2017
ölçüsü5.01 Kb.

major disorder components and those less than 0.5 as minor disorder components. The usual 
transformations on input coordinates are restricted. In general it will be necessary to supply 
disordered molecules as connected sets. The calculation of distances and angles etc. will 
extend only to entities involving the major disorder component or the minor disorder 
component but not between them. 

2.4.3 – Molecules, Residues and ARU's


The concepts of molecules and residues are related but not always synonymous with those 
in the PLATON context. A residue is defined as a part of the structure that is connected by 
intra-molecular bonds only and is associated with a number (residue number). A structure 
may thus contain one or more residues (molecules, ions, chains or network). Residues may 
be chemically equivalent or chemically distinct. An 

ARU

 is defined as the unique 
asymmetric part of a residue connected by intra-molecular bonds only. One or more 

ARU

's 
may join by crystallographic symmetry into one residue. A particular 

ARU

 is designated by 
a code: [nijk.rr] where 

n

 denotes the symmetry operation with respect to the basic molecule, 

ijk

 the translation with respect to 555 and 

rr

 the residue number. The crystal structure of 
sucrose (space group P2
1
) thus consists of two molecules (e.g. [1555.01] and [2545.01]) but 
only one residue. 

2.4.4 - Population parameters


A distinction should be made between 'population parameters' as used in SHELXL 
(indicated with 

sof

) and those in the CIF (indicated here with 

PP

) and in PLATON. Most 
refinement packages refine a population parameter that is defined as 

sof = PP / ssn

, where 

ssn

 is the site symmetry number. E.g. A full weight atom on an inversion center has in 
general 

PP

=1.0 when fully occupied but 

sof

 = 0.5 in SHELXL since 

ssn

 = 2. 

2.5 – Instruction  Summary


This section provides a description of the available instructions for keyboard input. The 
more common ones are also available through mouse-clicks on menu-items. The 
instructions are grouped together as compound specific, calculation, plot, list and general 
instructions. The logical order of the geometry calculations is intra-molecular, inter- 
molecular and coordination. In the description of individual instructions below the 
following applies: 
- (Sub)keywords are in uppercase and user data in lower case 
- Data in parentheses are optional. 
- Data in [] are defaults.
- Choices are separated by a slash. 
Note: parentheses in atom names (on input) are ignored except for that Ag denotes the atom 
type and Ag() the individual atom. Lower case input is automatically converted to upper 
case. Instruction records with a blank character in position 1 or a # are ignored. Instruction 
records may be continued with data on the next line by placing the symbol = at the end of 
the line. 

2.5.1 - Directives Preceding all  Calculations 


The instructions given in this section will be necessary only in special situations. 

2.5.1.1 - ROUND ([ON]/OFF) ([2])

 
This instruction defines whether the primary input data and the geometrical parameter 
values derived from them will be rounded based on their s.u.'s or not. When rounding is ON, 
derived data will be calculated starting from rounded coordinates. By (Acta Cryst.) default, 
coordinates and derived data (bonds, angles etc.) are rounded following the 1-19 rule. No 
rounding will be done when the ROUND feature is OFF. Rounding can be changed to 
follow the 1-9 rule with 

ROUND 1

 or to the 1-29 rule  

ROUND 3 


Example: 

ROUND OFF

 

2.5.1.2 - PARENTHESES ([ON]/OFF)

 
By default, in listings, the numerical part of an atomic label will be enclosed within 
parentheses. 
Example: 

PARENTHESES OFF

 

2.5.1.3 - NOMOVE ([ON]/OFF)

 
Keep atoms at input positions. This feature avoids automatic repositioning to symmetry 
related positions in the setup phase of the connectivity tables. The MOMOVE instruction 
can be useful when the input data set is already a connected set. Applications include CIF's, 
disordered structures and molecules on symmetry positions. 
More detailed control is available with the 

TRNS

 instructions (

Section 2.4.1

)
Example: 

NOMOVE OFF

 

2.5.1.4 - INCLUDE el1 el2 ...

 
Only the elements specified in the include list will be included in the calculations. 

eln

 may 
be 

Met

 for metal. 
Example: 

INCLUDE C N O

 

2.5.1.5 - EXCLUDE el1 el2 ...

 
The elements specified in the exclude list will be excluded from all calculations. 

eln

 may be 

Met

 for metal. 
Example: 

EXCLUDE H

 

2.5.1.6 - DOAC el1 el2 ....

 
The elements N, O, Cl, S, F and Br are treated as potential donor/acceptor atoms for 
hydrogen bonding by the program. This list will be replaced by the one specified in the 
instruction.
Example: 

DOAC N O

 

2.5.1.7 - HBOND (NORM) p1 p2 p3

 
Default criteria for hydrogen bonds are: distance between donor and acceptor atom less than 
the sum of their van der Waals radii + p1 ( = 0.5 angstrom); distance H to acceptor atom less 
than sum of corresponding van der Waals radii + p2 (= -0.12 angstrom) and angle D-H...A 
greater than p3 (= 100 degree). The default values may be changed with the HBOND 
instruction before the subsequent calculations. Alternatively, the same data could be 
supplied on the 

CALC HBONDS

 instruction. 
D-H distances will be normalized to standard values when the keyword 

NORM

 is included. 
Their default settings may be changed with 

SET PAR

 instructions. 
The current H-bond criteria and normalization values with associated SET PAR numbers 
are: 
p1 
= 0.5 
[SET PAR 8 new-value] 
p2 
= -0.12
[SET PAR 9 new-value] 
p3 
= 100 
[SET PAR 10 new-value] 
B-H 
= 1.19 
[SET PAR 294 new-value] 
SI-H 
= 1.50 
[SET PAR 295 new-value] 
C-H 
= 1.083 
[SET PAR 296 new-value] 
N-H 
= 1.009 
[SET PAR 297 new-value] 
O-H 
= 0.983 
[SET PAR 298 new-value] 
Example: 

SET PAR 298 0.97

 to normalize O-H on 0.97 Angstrom. 

2.5.1.8 - LSPL atom_name1 atom_name2 ..

 
This instruction specifies the set of atoms for which a least-squares plane should be 
calculated. In this way it is possible to include special planes in the following calculations 
that include the generation of least-squares planes for planar parts in the structure. 
Example: 

LSPL C1 C2 C3 C4


2.5.1.9 - RING atom_name1 atom_name2 ...

 
Rings in the structure up to 8 membered are found automatically. This instruction provides a 
facility to include larger rings (up to 30 membered) in the calculations. The atoms should be 
specified in bonded order. This ring will be taken into account is the calculations and tables.
Example: 

RING O1 O2 O3 O4


2.5.1.10 - LINE atom_name1 atom_name2

 
Explicit line specification between two not necessary bonded atoms. This line will be 
included in the following analysis and tables. 
Example: 

LINE Cu1 Cu2



:

afs
afs -> Meningoensefalit, meningoensefalit
afs -> Nb deze bovenstaande tekst wel weghalen!
afs -> Allergen Checklist for Food Suppliers or Manufacturers


Dostları ilə paylaş:

©2018 Учебные документы
Рады что Вы стали частью нашего образовательного сообщества.
?


the-schools-white-paper---52.html

the-schools-white-paper---57.html

the-schools-white-paper---61.html

the-schools-white-paper---66.html

the-schools-white-paper---70.html