1 ... 43 44 45 46 47 48 49 50 ... 74

The platon crystallographic package - səhifə 47

səhifə47/74
tarix04.12.2017
ölçüsü5.01 Kb.

TRMX r11 r12 r13 r21 r22 r23 r31 r32 r33 t1 t2 t3 
in which 'r11 r12 r13' expresses the new 

a

-axis in terms of the old etc. 
Example: 

a' 

b

 + 

c

 is encoded as 0 1 1 
t1 t2 t3 indicate a shift of origin after the cell transformation. The shift vector is subtracted 
from the transformed coordinate data. 
A TRMX (or the synonymous) TRNS instruction may contain either 3 numbers (i.e. 
translation only), 9 numbers (i.e. transformation matrix only) or 12 numbers (i.e. both 
transformation and shift) 
The TRMX will affect only data following it ! 
Symmetry operations may be protected for transformation by placing [] e.g. SPGR [C2/c]. 
This may be useful when the target space group is known and the transformation doesn't 
seem to work otherwise (which should of course never happen ... )
The transformed data may be written out as a 

.res

 file by clicking on the 

SHELXL-res 


button in the PLATON opening window  (

Section 1.3.7.12

) or with the keyboard instruction 

CALC SHELX 


2.4 - Concepts and Notions 


This section details some PLATON concepts and notions needed to make use of special 
program options.

2.4.1 - TRNS - The n.ijk

 symmetry operation on input


Atomic coordinates as found on the input file will in general be transformed as part of the 
process of setting up a connected set by symmetry operations by following certain rules. In 
the default automatic mode this will result in a connected set with residues properly 
positioned within the unit cell range. The symmetry operation applied to the input data will 
be listed under the header 

move

 in the atomic coordinates listing and is encoded as n.ijk. n 
stands for the number of the symmetry operation as specified on the first page of the output 
listing and ijk for the unit cell translations in the three directions relative to 555: ijk=564 
means one positive translation in the 

b

 direction, one negative translation in the 

c

 direction 
and none in the 

a

 direction. 
The automatic mode transformation may be overruled for a given atom by preceding the 
data for that particular atom with a 

TRNS

 instruction e.g. 

TRNS 3.564

. This facility may be 
useful to specify the part of the molecule that is to be considered as the asymmetric part of a 
symmetrical molecule. 
A transformation that is to be applied only to the first atom that is used as the starting point 
of a new residue can be forced with a negative symmetry transformation code e.g. 

TRNS 


-5.354

. Its position in the input stream determines the atoms to which it will apply. The 
input stream may contain several 

TRNS -n.ijk

, each apply to the atoms that follow until 
superseded by a new one. Their effect will only be on atoms that are chosen to start a new 
residue. TRNS instructions can be useful to assure that water molecules are transformed to 
locations where they are hydrogen bonded to the main molecule.
See also 

NOMOVE (Section 2.5.1.3)



Example

: shelxl.res structured input file on example.spf (with the instruction 

TRNS -2.666 


inserted) invoked with 

platon example.spf

 and keyboard instructions 

CALC SHELX

 and 

END

 
TITL Sucrose                                                      
CELL  0.71073   10.8633    8.7050    7.7585    90.000   102.945    90.000
ZERR 1           0.0005    0.0004    0.0004     0.000     0.006     0.000
LATT  -1
SYMM             - X ,    0.50000 + Y ,            - Z           
SFAC  C   H O
UNIT    24   44  22
FVAR    1.00000
TRNS -2.666
O2    3  0.22954  0.43550  0.74766 =
       11.0000   0.0277   0.0288   0.0193  -0.0013   0.0084  -0.0031
O1    3  0.17143  0.34630  0.39165 =
       11.0000   0.0154   0.0131   0.0177   0.0006   0.0035  -0.0002
O3    3  0.30801  0.74770  0.70279 =
       11.0000   0.0328   0.0252   0.0478  -0.0172   0.0206  -0.0099
etc ...
H611  2  0.36724  0.01189  0.11947 =
       11.0000   0.0422   0.0592   0.0661   0.0164   0.0189   0.0216
HKLF 4 1  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000  1.0000
will produce a new file 

example.res

 
TITL Sucrose                                                      
CELL  0.71073   10.8633    8.7050    7.7585    90.000   102.945    90.000
ZERR 1           0.0005    0.0004    0.0004     0.000     0.006     0.000
LATT  -1
SYMM             - X ,    0.50000 + Y ,            - Z           
SFAC  C H O
UNIT    24   44  22
FVAR    1.00000
O1    3  0.82857  1.84630  0.60835 =
       11.0000   0.0154   0.0131   0.0177  -0.0006   0.0035   0.0002
O2    3  0.77046  1.93550  0.25234 =
       11.0000   0.0277   0.0288   0.0193   0.0013   0.0084   0.0031
O3    3  0.69199  2.24770  0.29721 =
       11.0000   0.0328   0.0252   0.0478   0.0172   0.0206   0.0099
Etc ...
H611  2  0.63276  1.51189  0.88053 =
       11.0000   0.0422   0.0592   0.0661  -0.0164   0.0189  -0.0216
HKLF 4 1  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000  1.0000  0.0000  0.0000  0.0000  1.0000
Where the symmetry operation 

1-x, 3/2+y, 1-z

 was applied to 

O1

. All other atoms are 
transformed (in this case with the same operation) to make a connected molecule.
Note: 

TRNS

 is not a native SHELX instruction. 

2.4.2 - Disorder


The program attempts to manage the problems that are encountered with several types of 
disorder. Only two-fold disorder is allowed. Populations higher than 0.5 are understood as 

:

afs
afs -> Meningoensefalit, meningoensefalit
afs -> Nb deze bovenstaande tekst wel weghalen!
afs -> Allergen Checklist for Food Suppliers or Manufacturers


Dostları ilə paylaş:

©2018 Учебные документы
Рады что Вы стали частью нашего образовательного сообщества.
?


the-schools-white-paper---3.html

the-schools-white-paper---34.html

the-schools-white-paper---39.html

the-schools-white-paper---43.html

the-schools-white-paper---48.html