1 ... 21 22 23 24 25 26 27 28 ... 74

The platon crystallographic package - səhifə 25

səhifə25/74
tarix04.12.2017
ölçüsü5.01 Kb.

1.4.1.22 - PREV/NEXT Toggle


Toggle to proceed to previous or next entry on a multi-entry CIF or FDAT file. 

1.4.1.23 - DECORATION Toggle


The boundary information (title, rotation angles and messages) may be switched (on/off) by 
clicking on 

Decoration

.  

1.4.1.24 - PLOT copy to META File


A copy of the current artwork on the Image Canvas can be written to a meta-file (Default: 
EncapsulatedPostScript). 
The meta-file can be: 
- sent to a (PostScript) printer 
- pasted into a word processor text 
- converted into yet another format. 
The ImagineMagic program 'convert' will convert, among others, PostScript into GIF.
e.g. 

convert -rotate 90 sucrose.ps sucrose.gif


The resulting GIF may be inspected with either the 'display' or the 'xv' utility. (e.g. 

display sucrose.gif

). 
Clicking in the left box will generate a black-and-white copy suitable for black-and-white 
laser printers.
A click on the right box will generate a color copy suitable for color printers. 
The code of this file may be either 
- Encapsulated PostScript, 
- HP-GL  
The default setting (EPS) may be changed either from the main PLATON menu or with the 
keyboard instruction: 

SET META PS 

or 

SET META HPGL 


1.4.1.25 - PLUTON & END BUTTONS


Clicking on the PLUTON button provides a direct pathway to PLUTON sporting the same 
connectivity and orientation etc. Return to main PLATON menu with 'END'. 

1.4.2 – PLUTON SUB-MENU #0 – Main Options


1.4.2.2 - Mono/Stereo Toggle and Options


Clickable Mono/Stereo Options in the Button-boxes (left to right): 
1. Red-Green stereo 
2. Red-Blue Stereo 

3. Juxtaposition Stereo 
4. Small Juxtaposition Stereo 
Also a toggle from stereo to mono display. 
The 
corresponding
 keyboard instructions are:

(3.5.43) - MONO (PERSP d[0])


(3.6.71) - STEREO (SMALL) (RG/GR/RB/BR/CROSSED) (PERSP d[60])


1.4.2.3 - H-Atoms Toggle


Toggle that allows for an easy inclusion or exclusion of hydrogen atoms in/from the 
PLUTON style drawing. The click position determines whether all H-atoms, C-H atoms or 
Donor-H atoms are effected. 
The corresponding keyboard instructions are:

(IN/EX)CLUDE H


(IN/EX)CLUDE CH

 and 

(IN/EX)CLUDE DH

 

1.4.2.4 - SOLID STYLE


Clicking on this button produces a drawing style that is similar to the original PLUTO 
program solid-style. The click position determines the radius of the circles representing the 
atoms as a fraction of the associated covalent radius. Fractions from left to right are: 0.5, 
0.4, 0.3, 0.2, 0.1. Alternatively, identical results (radius fraction =  0.3) may be obtained 
with keyboard instructions: 

SET PAR 351 0.3 


SOLID 


1.4.2.5 - ROD STYLE


Default settings of the ROD style give thicker than usual bonds (i.e. those used in the 

SOLID

 style). The ROD-style brings out the three-dimensional character of molecules more 
clearly. 

1.4.2.6 - CPK STYLE


CPK style plot with van der Waals radii assigned to atoms.  Optionally, a wireframe is 
included by clicking in the right box.
 

1.4.2.7 - STRAW STYLE


STRAW style plot with small atomic radii assigned to atoms. 

1.4.2.8 - STICK STYLE

 

This option provides a fast 'bonds-only' plotting style. 

1.4.2.9 - BLACK-AND-WHITE COLOR


Black-and-White Color in PLUTON


Three distinguishing options for plot-items using black-and-white colors are available: 
1. BWC global 
2. BWC atom-types 
3. BWC residues 
4. BWC ARU's 
The associated patterns may be combined with the 'COLOR' options. 
Current BWC & COLOR setting may be inspected with the 

ListTypes

 and 

ListARU 


instructions from the PLUTON/GeomTy sub-menu or with the keyboard instructions 

LIST 


TYPES

 and 

LIST BONDS


1 - BWC Global


Global pattern setting can be achieved either via the manu item from the PLUTON/Style 
menu or as a sub-keyword on the style instruction. 
Example: 

SOLID GLOBE

 

2 - BWC Atom-Types


When active, atoms are displayed with an atom-type dependent pattern. 
The default patterns can be customized with the 

BWC TYPE

 instruction or the 

SelPattern 


function on the PLUTON/Style menu. 

3 - BWC Residue Types


Selection of the menu option 

res

 will assign a distinguishing pattern to each residue type 
(i.e. isolated species in the structure). 
The default setting may be changed with an ARU instruction: 
Example (resd #2): 

ARU DOTS 2

 

4 - BWC ARU-Types


Selection of the menu option 

ARU

 will assign a distinguishing pattern to each ARU. 
Default settings may be changed with an ARU instruction: 
Example: 

ARU GLOBE 2556.01

 

1.4.2.10 - VIEW OPTIONS


Clicking on one of the five pre-programmed boxes corresponds to the following instructions 
and start orientations. 
From left to right: 
1. VIEW UNIT - Default orientation (XROT = 0, YROT = 0, ZROT = 0) 
2. VIEW MIN - Minimum overlap orientation 

3. VIEW XO - View down XO 
4. VIEW YO - View down YO 
5. VIEW ZO - View down ZO 

1.4.2.11 – NoDisorder Toggle


(No)Disorder Display Toggle. Left clicking shows the major disorder form and a right click 
the minor disorder form. 

1.4.2.12 - LABEL SIZE


The character size of the labels can be changed by clicking in the appropriate box. 

1.4.2.13 – UNITCELL Toggle


ON/OFF Toggle for Unit Cell outline display.
Associated keyboard instruction: 

 UNITCELL (OFF/ON) (rbo nli) 


1.4.2.14 – Select Residue(s) for Display 


This button contains NRES (= number of residues) + 1 clickable boxes. By default, all 
residues are shown. This corresponds to the leftmost click position. The other click positions 
bring up individual residues. The number of the residue displayed is shown on the drawing. 
The number 0 indicates that all residues are shown.  Alternatively, residue #10 will be 
displayed with the keyboard instruction 

RESD 10


1.4.2.15 - JOIN HBONDS


Clicking in the left box will expand the ARU-list with hydrogen bonded (O-H..X, N-H..X 
etc) ARU's connected to the unique set. Clicking in the right box will search for H-bonds 
including C-H..X contacts. 

1.4.2.16 – PACK RANGE


A list of ARU's is assembled with their centers of gravity inside the box with a size defined 
by the click position. 
The corresponding full keyboard instruction is: 

PACK (RANGE xmin xmax ymin ymax zmin zmax (atom-name))


1.4.2.17 - LABEL ATOMS TOGGLE


Global atom labeling toggle. Clicking on the right box will also include H-atoms in the 
labeling. 

 


1.4.2.18 – CROTY - Continuous Rotation About Y axis



:

afs
afs -> Meningoensefalit, meningoensefalit
afs -> Nb deze bovenstaande tekst wel weghalen!
afs -> Allergen Checklist for Food Suppliers or Manufacturers


Dostları ilə paylaş:

©2018 Учебные документы
Рады что Вы стали частью нашего образовательного сообщества.
?


the-schools-white-paper---159.html

the-schools-white-paper---163.html

the-schools-white-paper---168.html

the-schools-white-paper---172.html

the-schools-white-paper---177.html